Epidemia, która na przełomie lat 1651/1652 zdziesiątkowała ludność Krakowa i okolic, była zaledwie początkiem klęsk jakie miały mieć miejsce przez kolejne stulecie. Niedługo później, w 1655 roku nastąpił najazd szwedzki i dwuletnia okupacja. „Czarna śmierć” – czyli prawdopodobnie czarna ospa (lub dżuma, zdania są podzielone) przywędrowała do Krakowa od południowo – wschodnich rubieży Rzeczpospolitej, wcześniej atakując Lwów. Na ciele chorych pojawiały się czerwone plamki, którym towarzyszyła wysoka gorączka, ból głowy, mdłości. Życie Krakowa i Kazimierza uległo paraliżowi. Wiosną rozpoczął się głód, ponieważ ludzie ze wsi bali się tu przyjeżdżać z towarem. Mieszczanie tłumnie opuszczali swoje siedziby, szukając schronienia w okolicznych wsiach. Dotkniętych zarazą odosobniono w mieszkaniach poza miastem i specjalnie na ten cel wybudowanych lazaretach pod Krakowem. Dziennie dochodziło do 400 zgonów – w Krakowie. Kupiec Jan Markiewicz pisał w swojej kronice: „dla braku grabarzów leżą psom na pastwę trupy po ulicy, po kilkaset umiera codziennie, reszta ucieka z Krakowa” (Jan Markiewicz, korzennik krakowski z XVII w. – fragmenty dziennika w „Pamiętnik Lwowski” 1816, t. 3. s. 200). W Krakowie i Kazimierzu przestały urzędować instytucje miejskie, zamknięto ratusze, szkoły i uniwersytet.

Na domiar złego, w roku 1652, Kraków nawiedziła wielka powódź – deszcz padał nieustannie od 22 do 24 lipca, wskutek czego Wisła wystąpiła z brzegów. Na Stradomiu woda dotarła aż do zabudowań bernardyńskich, na Kazimierzu zalane zostały składy soli, zniszczone domy, zniosła również most Skawiński. Płaszów i Zabłocie znalazły się całkowicie pod wodą. Ofiarami padali zdrowi ludzie, którzy szukali schronienia poza murami miasta. Fale Wisły uniosły ze sobą również około 2000 trupów ludzi, zmarłych wskutek zarazy. Warunki sanitarne, jak można się domyślać, były fatalne, a wśród ludzi zapanował strach. Podobno ksiądz Wiktoryn Gorlicki zmarł, wygłaszając kazanie w kościele Mariackim. Trudno się dziwić, że zrobiło to ogromne wrażenie na mieszkańcach.

Sytuacja uspokoiła się dopiero z początkiem 1653 roku – z polecenia króla Jana Kazimierza, rajca Sebastian Zacherla zaczął spisywać straty. Według jego obliczeń w Krakowie miało być 24 000 ofiar, inne źródła podają nawet do 40 000 zmarłych na skutek epidemii i powodzi. Na Kazimierzu – jak podawali kronikarze kazimierscy: Marcin Goliński i Stefan Ranotowicz, od 9 maja do 21 września 1652 zmarło 2578 osób. Z kolei osobno odnotowali: 3 500 Żydów – ponieważ od 1495 roku aż do XIX wieku ludność żydowska mogła osiedlać się tylko w wyznaczonej części Kazimierza – można wnioskować, że liczba 2 578 dotyczyła tylko kazimierskiej ludności chrześcijańskiej.

Dwa lata później nastąpił „potop” szwedzki.

Źródła: J. Bieniarzówna, J.M. Małecki, Dzieje Krakowa, tom. 2, Kraków 1984